エッジ/頂点の削除の機能を使用する際は、削除したいエッジを選択して実行します。
メッシュの編集 >エッジ/頂点の削除
この機能を実行すると、エッジに介在している頂点も一緒に削除します。
エッジをdeleteキーで削除すると頂点が残ってしまうので注意が必要です。