シーンを保存は現在のシーンを上書き保存します。
ファイル > シーンを保存
ctrl + sキー
上書き保存のまま進めて行くと、何かあった際に戻れないことも出てきます。
昔のデータに戻れる様にいくつかバージョンごとに保存名を変更しておくと、何かあった際に昔のデータを開く事が出来るので便利です。
一般オプションの差分保存にチェックを付けておくと、ctrl +  s を押すたびに、別名のファイルとして保存する事が可能です。